O Observatório da Proteção dos Direitos Humanos foi criado como projeto de extensão do CAAF e credenciado na Política de Observatórios da Unifesp em 2019, com o objetivo de construir metodologias, estabelecer parcerias e tecer redes para a realização de coleta e análise de dados relativos à promoção e proteção dos direitos humanos no Brasil. Suas atividades se realizam por meio da delimitação de temas de atuação, que podem ter por foco as práticas de órgãos públicos, legislação e políticas públicas com impacto sobre a situação dos direitos humanos; situações de ameaças e violações graves de direitos humanos; ou a cartografia de como grupos e sujeitos atingidos por violações se organizam e estruturam suas ações de resistência. Trata-se de um trabalho de caráter extensionista, que busca um desenvolvimento colaborativo e participativo, em diálogo com atores externos à universidade, e almeja não apenas produzir conhecimento mas também, diretamente, atuar de maneira a contribuir com a transformação da realidade. Inicialmente, o ObservatórioDH se organizou em duas linhas temáticas de atuação: 1. Proteção dos espaços de ativismo por Direitos Humanos e 2. Promoção dos direitos humanos e preservação da memória de graves violações. A partir de março de 2023, o Observatório passou a contribuir com o trabalho articulado dos observatórios do CAAF/Unifesp em torno do tema das reparações pela violência de Estado.